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ストーリー攻略をしたいのならイーブイはサンダースかエーフィが楽でしょうか。
突破口がありすばやいので無駄なダメージを受けず進めます。ストーリーでは細かいダメージの蓄積が怖いです。

サンダース
全ての戦闘で先制できると思って大丈夫っぽいです。
ただ覚える特殊技が電気技と噛み付くしかないのでもう一体の主力が必須です。
１０万ボルトの技マシンが手に入るのでその後は比較的楽です。
ゲット用には電磁波、ダメージ減らしには電光石火を覚えます。

ブースター
攻撃力が魅力です。又特防が高いのですが、ＨＰの低さがうまくカバーしてます。（何
しかしタイプ一致の火炎放射と物理技の実質威力は一緒くらいだったりします。
覚えさせるなら攻略の途中で手に入るもので言うとシャドーボール火炎放射などでしょうか。 
ただすばやくないので注意が必要です。
物理耐久力も信用できません。ただ特殊と物理の使い分けが出来るので便利ではあります。

シャワーズ
耐久力と破壊力のバランスがいいです。
ただ、序盤で覚える技はろくなものがないので能力以上の破壊力は期待できません。
ブースターと同じく遅いのが注意点です。
技はれいとうビーム（これは技マシンに入るか不安です）　ハイドロポンプ（覚えるのが遅いなどでしょうか。 

エーフィ
サンダースと同じく速攻として優秀です。破壊力５体の中で一番です。
ただこれまたサンダースと同じくサイコとかみつくしか特殊技がないので
攻撃範囲が狭いです。ほとんどはサイコのゴリ押しでいけたりします。

ブラッキー
ストーリー攻略には向いてないっぽいです。
ただトップクラスの耐久力を利用してスナッチ時には重宝しそうです。
続きです・技は・・・せめて手助け覚えていれば・・・嫌な音とかも面白そうです。
一回で防御半減は大きいです。 

サンダースとエーフィ・対人戦ではないので正直ストーリー攻略が目的であれば好みでいいと思います。
どちらも速攻ですが速さならダース、破壊力ならエーフィといったところでしょうか。
エーフィーはそこそこ早い段階からサイケ光線を覚えるので楽かもしれません。